Le fonds des dommages de guerre de la Seconde Guerre mondiale est divisé en trois parties. La première se compose d’un fichier nominatif des sinistrés : chaque fiche comporte le nom d’un sinistré et le numéro de son dossier. Les fiches faisant référence aux dossiers éliminés ne l'ont pas été.
La deuxième partie concerne l’administration des dossiers dits de "priorité nationale", elle se compose d'un seul article. Les dossiers de priorité nationale ont la particularité de ne pas avoir été instruits par les directions départementales des MRU, mais au niveau central par la direction des dommages de guerre au ministère de la Construction. C’est une procédure spécifique qui « a été déterminée soit en fonction du montant élevé de l’indemnité à régler, soit en fonction du rôle particulier joué dans le relèvement de l’économie nationale par la branche d’industrie ou de commerce en cause » (circulaire AD 63-7 du 7 février 1963).
La troisième partie concerne les dossiers de dommages de guerre à proprement parler. Les dossiers sont répartis par catégorie, chacun concerne le bien d’une personne privée ou morale. Ainsi, un particulier, une collectivité ou une entreprise peuvent constituer plusieurs dossiers. A l’origine, les dossiers étaient classés par catégorie et par numéro. La catégorie est définie par un groupe de trois lettres, suivi d’une série de chiffres. Les différentes catégories sont les suivantes :
- SPB : biens bâtis appartenant à l'Etat, au Département ou aux communes
- SPM : biens mobiliers appartenant à l'Etat, au Département ou aux communes
- DIB : biens bâtis servant pour l'industrie, le commerce ou pour des associations
- DIM : biens mobiliers servant pour l'industrie, le commerce ou pour des associations
- DAB : biens bâtis agricoles
- DAM : biens mobiliers agricoles, y compris matériel, récoltes et animaux d'élevage
- WOL-DAM : biens agricoles réquisitionnés par la Wirtschaftoberleitung. Cette « Direction générale de l’agriculture » a réquisitionné les meilleures terres agricoles et leurs exploitations au profit de la société OSTLAND, pour soutenir l’effort de guerre allemand
Chaque dossier est composé de façon identique. On y trouve ainsi trois sous-ensembles : le dossier financier, le dossier technique et le dossier administratif. Un dossier type est constitué des pièces suivantes : correspondance, rapports, constat et déclarations des dégâts, rapport d'expertise professionnelle, liste du matériel perdu, plan, pièces comptables, décisions attributives d'avance pour la reconstruction, déclarations de dommages, polices d'assurance, bilans comptables, factures, devis estimatif, mémoires des travaux, procès-verbaux de réception de travaux, actes notariés, note d'honoraires d'experts, décision définitive d'indemnisation, listes récapitulatives des dommages, statuts, fiche de contrôle des matériels, installations outillages et stock, notice de renseignements généraux (états des dégâts mobiliers constatés), autorisation de reconstruction, procès-verbal de constat de dommages établi par un huissier, récapitulatif des pièces transmises, demande d'indemnités de reconstruction, état des stocks, coupure de presse, attestation de propriété, extrait de déclaration au registre du commerce, police d'assurance, déclaration de sinistres, décision de virement, décision du directeur départemental de la Reconstruction, factures, acte de notoriété, actes de naissance, certificat individuel de non inscription à la conservation des hypothèques.
Cette présentation du contenu n’est pas exhaustive. Il est possible de la compléter par des documents spécifiques à chaque dossier, tels que des photographies, des plans, des statuts d’entreprises…
